| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,517,339 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,517,339 | 0 | A | T | 100.0% | 582.7 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (106/138); total (106/138) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,517,340 | 0 | G | C | 98.8% | 567.1 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (102/136); minor base T (2/1); total (106/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,517,341 | 0 | T | A | 98.4% | 565.9 / NA | 244 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/136); minor base C (2/2); total (106/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCT > CP042583/1517061‑1517618 ||| cACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGttt > 1:1634947/1‑289 (MQ=255) 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gctgcCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGa < 2:429202/289‑1 (MQ=255) ggTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCt > 1:705373/1‑289 (MQ=255) ||| CACCGCTACCTGCGTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCT > CP042583/1517061‑1517618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |