Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,517,701 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,517,701 | 0 | A | T | 97.7% | 494.7 / ‑3.5 | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (118/95); minor base C (5/0); total (123/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,702 | 0 | G | C | 99.1% | 507.5 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/95); minor base T (1/1); total (123/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,517,703 | 0 | T | A | 99.1% | 512.4 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (122/96); minor base C (1/1); total (123/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
GTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCG > CP042583/1517422‑1517980 ||| gTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCg < 1:451528/289‑1 (MQ=255) 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ggCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGgt > 2:79896/1‑289 (MQ=255) ggCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGgt > 2:653253/1‑289 (MQ=255) ggTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCTCACCGCTCGATCCGgtagt > 1:1864153/1‑289 (MQ=255) 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GTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTATCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGACTGGCTGCGCATTTTGACGCTCAGGCGCTCACCG > CP042583/1517422‑1517980 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |