| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,519,329 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,519,329 | 0 | A | T | 99.0% | 482.6 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/95); minor base G (2/0); total (113/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,330 | 0 | G | C | 99.5% | 477.4 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (113/94); total (113/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,331 | 0 | C | G | 98.6% | 476.1 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (111/93); minor base T (1/2); total (113/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
CTGCTCAGTCCCGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAAAGTTTGCAAAGTAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATAAGCCCTGCTTTGAGCTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGAGCACAACCATCGCGGCGGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTC > CP042583/1519051‑1519608 ||| ctgctctcacccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCttt < 1:186737/280‑1 (MQ=255) ctcgcccccGATGCGCAACGGCGTAAAGCAGATCCCCCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgt < 2:1401935/282‑2 (MQ=255) tctcacccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCt < 1:1208875/278‑1 (MQ=255) ctcacccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgtcgt < 2:268910/285‑5 (MQ=255) acccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgtcgttg > 1:157103/2‑282 (MQ=255) acccGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTgtcgttg > 1:769077/2‑282 (MQ=255) gATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGacaca < 2:979892/289‑1 (MQ=255) tGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTTGGCGATGGTGGCGGTGCTTTATGCACCGCTGATCCCCGCAGCTCTCCCGCTGCTCTCGCCTGCTTTgctgttgccctgtt > 2:1208875/1‑276 (MQ=255) aCTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAgg < 1:813062/289‑1 (MQ=255) cGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAATCATTGCAATCAAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATATCGCCTGCTTTGTCGTTGACACACTGGCAGGCGtt > 1:131034/1‑289 (MQ=255) 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CTGCTCAGTCCCGATGCGCAACTGCGTAAAGCAGATCCCGCTGTCTGGGGCGATCCTTCTGTTCTCGATCCGCAAAAACTGCCTGACGGGCAGCGCGAAAGTTTGCAAAGTAGAATGCCGCAGGATCTGCCGCCGGTACTGGCTGAACCGCACGCAGGTTGGGTAAATGCGCTGGAACAAGAATGGCTACACCGTTACGGTACGCATTAATCTTTTTGCTGTGGGCGATGGTGGCGGTGATTTATGCACCGCTGATCCCGGCAGCTCTCACGCTGATAAGCCCTGCTTTGAGCTTGACACACTGGCAGGCGTTATTTGCCGATCCACAGTTACCGCAGGCATTACTGGCAACGCTGGTGAGCACAACCATCGCGGCGGTCGGGGCATTGTTGATTGCCCTGCTGGTGATTGTGGCGCTGTGGCCTGGGCCGAAATGGCAGCGTATGTGCGCCCGTCTGCCGTGGCTGCTCGCCATTCCCCATGTGGCTTTTGCCACCAGCGCCCTTCTGCTCTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTC > CP042583/1519051‑1519608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |