| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,519,833 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,519,833 | 0 | A | T | 98.7% | 517.0 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/104); minor base C (3/0); total (119/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,834 | 0 | G | C | 98.2% | 498.8 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (117/101); total (119/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,519,835 | 0 | C | G | 98.7% | 508.3 / NA | 223 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (116/104); total (119/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCG > CP042583/1519565‑1520112 ||| tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 1:336231/1‑289 (MQ=255)tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCCGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGAtgtg > 1:771485/1‑289 (MQ=255) aCGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAat > 2:958143/1‑289 (MQ=255) tttATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGcc < 1:1717388/289‑1 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCTCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTTCCTGGTCGCTTTCCGTCGTGGATGTGGCAATTTCTCTCGGGTCAGGTAATc > 2:1276554/1‑288 (MQ=255) aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 2:914574/1‑288 (MQ=255) aTTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGAc > 1:1318036/1‑286 (MQ=255) ttCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTgg < 1:833298/289‑1 (MQ=255) ttCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCAACCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTgg < 1:411851/289‑1 (MQ=255) cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAAt > 1:758924/1‑289 (MQ=255) 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ccGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 1:1845797/288‑1 (MQ=255) ccGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 1:1437627/288‑1 (MQ=255) tttGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGTCGCTGTCGGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 1:487992/289‑1 (MQ=255) 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TGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGC‑TGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTGGCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCAATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGGAGCCTGAGCGTCGTGGATGTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAACCG > CP042583/1519565‑1520112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |