Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,520,478 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,520,478 | 0 | A | T | 99.6% | 639.9 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (132/139); total (133/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,479 | 0 | G | C | 99.3% | 628.2 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (130/138); total (133/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,480 | 0 | C | G | 99.6% | 638.4 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (133/141); total (133/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTC > CP042583/1520200‑1520762 ||| tggtggCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCa < 2:883465/288‑1 (MQ=255) gCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAAtct > 1:92993/1‑289 (MQ=255) cATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTCTGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTAc < 1:1675036/289‑1 (MQ=255) cATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTAc < 1:248688/289‑1 (MQ=255) tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCCCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCCTCTTTTACGTGAAAt > 1:631844/1‑288 (MQ=255) tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAAt > 1:1633947/1‑288 (MQ=255) cTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGc > 2:293278/1‑288 (MQ=255) 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tgctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAGACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTAc > 1:1108750/1‑269 (MQ=255) tgctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGtt < 2:1068730/289‑1 (MQ=255) tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCGGTGGATGCTGTTTATCCTGCACCCCGCCTGGCAGGGCATTGATTCACGGTTATTTTTTATTCCGCAAACACGGGGCTGTTTGCCGGCCAAAATCTTCTCTAAGTTAAAATGTCCACTCAtttggc > 2:1595868/1‑283 (MQ=255) tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTgc > 1:306148/1‑288 (MQ=255) tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGAAACCCGCCTGGCAGCGCATTGCTTCTCGGGTTATTTTGATTTCGCAAACCCACGGGTGGTCGTGGGCCAAAATTGTCTTTTATGTGTAATGTCAACttctgcaca > 2:575184/1‑280 (MQ=255) gtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGcc < 2:1939308/275‑1 (MQ=255) 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ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTTGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGTTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTTGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGTGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATTTTTCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTTGGCTTTGCAGTCCGTAt > 1:785071/1‑289 (MQ=255) ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACCCTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCAATCATGTTGCGCCCGGTGCTGTTTTCCTTCGCTTTGGTGTTTGccggtgtgtt > 2:1916229/1‑280 (MQ=255) ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTTCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTTCCGTCGGTAt > 1:1900528/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |