Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,520,789 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,520,789 | 0 | A | T | 99.7% | 714.7 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (152/147); total (153/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,790 | 0 | G | C | 99.0% | 699.5 / ‑4.6 | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (152/145); minor base T (1/2); total (153/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,520,791 | 0 | C | G | 99.7% | 707.3 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (153/146); minor base T (0/1); total (153/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTGTTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTG > CP042583/1520511‑1521064 ||| gtccTGTGCTGATTGCCTTGGCGGTGGGAGGTGGAGGCGGTATTGCGCAGTATATGCCATCGCTGTGGCGGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCCCTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGc < 2:520411/287‑1 (MQ=255) cccTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCt > 1:876915/1‑289 (MQ=255) cccTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCt > 1:513730/1‑289 (MQ=255) tgtgCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCtt > 1:1529941/1‑287 (MQ=255) tGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTGTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTCGGTCAGACAAGGACTCCGCGAATGCTCCTCGTGAAAAATGTTTCGCTCCGTTTACCAGACATCCGCTTGCTGACa > 2:1761227/1‑289 (MQ=255) gCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGt < 2:1469434/289‑1 (MQ=255) cTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGTGTTAGTCGCAAACTGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTACGCTAATGCTCTGCGTTAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTCGCTGACAAACGTTa > 2:889432/1‑289 (MQ=255) 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cGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTg < 1:1248171/289‑1 (MQ=255) cGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCG‑TTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGt < 1:205634/287‑1 (MQ=255) aTTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACa < 1:338651/288‑1 (MQ=255) cgcgGTATAGGCCAACGCTGTGGCTGGGGGCGGGGCGTTTTCCGACGCTAACCACTGGGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGt < 2:822517/288‑1 (MQ=255) aGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCAc < 1:771654/288‑1 (MQ=255) gCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATgg > 2:444011/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACTAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 2:243807/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGt > 2:1857766/1‑243 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCa > 1:1431516/1‑275 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGcc > 2:1085297/1‑288 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:840333/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:1176539/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:1785143/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:315767/1‑289 (MQ=255) cGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGAGACATTTTCCCGTTAATGGGGCCg > 2:1754890/1‑289 (MQ=255) cTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGt > 1:923245/1‑288 (MQ=255) tgtgGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTc < 1:1356172/288‑1 (MQ=255) tgtgGCGGGGCGCGGGGCGGTTTCCGACGCTCACCACTGCGGCGGGGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTc < 2:1314970/288‑1 (MQ=255) ggCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAATTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGTCCTGACCGCGTTAGTCGCCAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACACACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGAATTTGTCACGTTAATGGGGCCGGCTGGCTGTgg > 1:623701/1‑289 (MQ=255) gggCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGt > 1:1606921/1‑256 (MQ=255) ttttCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCActc < 1:575184/289‑1 (MQ=255) taaccacTGGGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGAAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatg < 1:1701346/286‑6 (MQ=255) accacTGAGGCGGTGGCCTTAGGCAGCGGCGGCCGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGAAACTGGTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatggat < 2:1723757/289‑9 (MQ=255) accacTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACCAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCTCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAATGAGACATTGTCACTGTAATGGGGCCGTCTTGTTGGCGAAAATCAACTCTGttttcatggat > 2:1434254/1‑281 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |