| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,524,069 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,524,069 | 0 | A | T | 99.6% | 518.9 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/102); minor base G (0/1); total (117/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,524,070 | 0 | C | G | 98.6% | 505.6 / ‑5.8 | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (115/102); minor base T (2/1); total (117/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,524,071 | 0 | T | A | 99.1% | 505.6 / NA | 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/100); minor base C (0/2); total (117/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CACATGAACATCAGGCGCTGGTCTGGTGCAGTCCTGAAGAGGCGCTGCAATATCCGCTGGCCCCTGCTGACATTCCATTATTAGAGGCGTTTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAATTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCACTCTGCCCGCCACTACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAA‑TGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATGG > CP042583/1523794‑1524349 ||| ctggcacgtacccgacttccacgggacgttacaggcccctgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCcgcctg < 2:1334060‑M2/130‑3 (MQ=255) ggcacgtgaccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGcccgcctgaa < 1:744725‑M2/132‑5 (MQ=255) cgtacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGactgcccgcctgaactga < 1:254587‑M2/136‑9 (MQ=255) tacccgacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTACTTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTTAGTACAGGGCTGCGCtgcctgcccgccttaactgcac > 2:657646‑M2/152‑279 (MQ=255) 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gacttccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATACACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACCCt > 2:93941‑M2/147‑287 (MQ=255) ttacacgggacgttacaggcacatgaacatcaggggctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTgg < 2:401506‑M2/146‑1 (MQ=255) ccacgggacgttacaggcacatgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCg > 1:57846‑M2/142‑289 (MQ=255) 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atgaacatcaggcgctggtcgggtggtcatctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCGTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGATTAACTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGTTTCGATGACTGCCCGCCTGAACGTAACACTTATGGCTGTACGTTTACCTCCTAGTcc > 2:1391785‑M2/122‑289 (MQ=255) tgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGttt > 2:324646‑M2/121‑276 (MQ=255) tgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGttt < 1:324646‑M2/156‑1 (MQ=255) tgaacatcaggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCg > 1:1407572‑M2/121‑289 (MQ=255) caggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATATTTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATa > 1:1066042‑M2/114‑289 (MQ=255) ggcgctggtctggtgctcacctgaagaggcgctgcaatatccgctggcccctgctgacattccattattagaggcgtttatggctttacgcgccgccagaccagcggattaGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAAt > 1:1792200‑M2/112‑289 (MQ=255) 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gCTGCGCTGACTGCCCGCCTGAACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAA‑TGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGa < 1:1140631/285‑1 (MQ=255) ||| CACATGAACATCAGGCGCTGGTCTGGTGCAGTCCTGAAGAGGCGCTGCAATATCCGCTGGCCCCTGCTGACATTCCATTATTAGAGGCGTTTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAATTATGGCTTTACGCGCCGCCAGACCAGCGGATTAGTGCTAAGGGTTTTGTCATCACGCTGGCATTGCAGCAGTATTCCTTCGGCTTTAATTACCGCCCCTTCAGAATAATTTTGATCCTGATAAACGCAGCACTGAGTACAGGGCTGCGCACTCTGCCCGCCACTACTGAACACTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAATGGAAATGCTAATACTACGGCGAACAA‑TGCTCGACTCACAGGGAACTCCTTAACGTTATTGTCTCTGCTACTGATAACGGTAGCCGGGTGGCAAAACTTTAGCGTCTGAGTTATCGCATTTGGTTATGAGATTACTCTCGTTATTAATTTGCTTTCCTGGGTCATTTTTTTCTTGCTTACCGTCACATTCTTGATGG > CP042583/1523794‑1524349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |