| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 490,976 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 490,976 | 0 | A | T | 99.1% | 530.9 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/103); minor base C (2/0); total (126/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,977 | 0 | G | C | 99.6% | 529.7 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (125/103); total (126/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 490,978 | 0 | C | G | 99.1% | 531.6 / ‑6.9 | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (123/103); minor base T (1/1); total (126/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGGCCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAA > CP042583/490698‑491257 ||| tGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGTAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTAtc > 1:1181264/1‑288 (MQ=255)tGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTAtc > 2:559630/1‑288 (MQ=255) gCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTAtct < 2:668699/288‑1 (MQ=255) cgggATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTTAGCGTGCTCTCGCGTTAtctcc > 1:1015222/3‑288 (MQ=255) cAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAATACAGCACCCGGCGTATGGGCTTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCAATCCTGCGGCCGGTTTTGCCTGTCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTAtctc > 1:944502/1‑288 (MQ=255) tGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTATCTCGATcc > 1:1944447/1‑288 (MQ=255) tGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCTCGCGTTATCTCGATcc > 2:367506/1‑288 (MQ=255) 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cAGCGTGCTCTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGGCCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGaaaaa < 1:1055619/289‑1 (MQ=255) gCGTGCTCTGGCTGTTTCTCGATCCACAATGGGCGATTATCGGCATTCAGTCACGGCGCCCCAATGGCCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAaaga < 2:930483/289‑1 (MQ=255) ||| TGCAGGATGCCGATGCTGATTTCTTCGCGCTTGGCGGTCATAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGT‑TTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGTGCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGGCCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAA > CP042583/490698‑491257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |