| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 491,000 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 491,000 | 0 | A | T | 98.7% | 557.3 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (124/111); minor base C (2/1); total (126/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,001 | 0 | G | C | 100.0% | 558.7 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/114); total (126/114) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,002 | 0 | C | G | 100.0% | 568.9 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (126/114); total (126/114) | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
CTTCGCGCTTGGCGGTCATAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCTGGACCCGGAAGTG > CP042583/490720‑491281 ||| cgcgCTTGGCGGTCATTCGCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGTCAACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCTGCGT‑GCTTTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATCGGc > 1:340223/1‑289 (MQ=255) 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aCTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATg < 1:1480213/289‑1 (MQ=255) cTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATgg < 1:1246047/289‑1 (MQ=255) tGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCTCGCGTTATCTCGATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGc < 2:213703/289‑1 (MQ=255) 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gATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAGCCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATAcc > 2:167638/1‑234 (MQ=255) gATCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTTGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCCACACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCAGGACCCgg > 2:767051/1‑289 (MQ=255) aTCCACAATGGTCGATTATCGGCATTCAGTCACCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCTGGACCCGGa > 2:156646/1‑289 (MQ=255) ||| CTTCGCGCTTGGCGGTCATAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATC‑CTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCG‑GCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCTGGACCCGGAAGTG > CP042583/490720‑491281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |