| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,531,040 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,531,041 | 0 | G | C | 99.7% | 663.2 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (142/141); total (142/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,531,042 | 0 | C | G | 100.0% | 661.8 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (142/142); total (142/142) | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CAAAATTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATAGCAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACAGTCTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGTCTATGCAGTACATCGGCAAAGCTCTGAAAGAGTTTCGTGA > CP042583/1530763‑1531320 ||| aaaTTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATTCGAAAGAAACGGc < 1:1897736/289‑1 (MQ=255) 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tggtggtgATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGt < 1:1190510/251‑1 (MQ=255) tggtgATTCGAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACTCACTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGTCTATGCAGTACATCGGCAAAGCTCTGAAAGAGTTTCGTGa < 2:172233/288‑1 (MQ=255) ||| CAAAATTAACACGAGAGTGGATTTTGTTACAGCACAGTCCGCAATTCCTGCTGACAAGTACCGGTTGGGTCATTACGATAACCACATCTATTGCGCCTGTGACAGGTGTGACCTTAAGTTGGGAGAATACATGCGAACCCTTTGGCGATTTATTGCCGGATTTTTTAAATGGACGTGGCGTCTGCTGAATTTCGTCCGTGAAATGGTACTTAACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGTGATAGCAAAGAAACGGCCAGTCGTGGCGCACTGCTGCTGGACATTTCTGGTGTGATCGTCGATAAACCCGACAGTTCTCAGCGGTTTAGTAAATTAAGCCGCCAGCTGCTTGGTGCCAGTTCCGATCGTCTGCAGGAAAACAGTCTGTTTGATATCGTCAACACTATTCGCCAGGCGAAGGACGACCGCAATATCACCGGTATTGTGATGGATCTGAAAAACTTCGCAGGCGGCGACCAACCGTCTATGCAGTACATCGGCAAAGCTCTGAAAGAGTTTCGTGA > CP042583/1530763‑1531320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |