| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 491,018 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 491,019 | 0 | G | C | 100.0% | 577.5 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (135/112); total (135/112) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,020 | 0 | T | A | 99.2% | 583.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/110); minor base C (0/2); total (135/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
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TAGCCTACTGGCAATGAAACTGGCAGCGCAGTTAAGTCGGCAGGTTGCCCGCCAGGTGACGCCGGGGCAAGTGATGGTCGCGAGTACTGTCGCCAAACTGGCAACGATTATTGATGCTGAAGAAGACAGCACCCGGCGTATGGGATTCGAAACCATTCTGCCGTTGCGTGAAGGTAATGGCCCGACGCTGTTTTGTTTCCATCCTGCGTCCGGTTTTGCCTGGCAGTTCAGCGT‑GCTCAGCCGTTATCTCGATCCACAATGGAGCATTATCGGCATTCAGAGTCCGCGCCCCAATGG‑CCCCATGCAGACGGCGGCAAACCTGGATGAAGTCTGCGAAGCGCATCTGGCAACGTTACTTGAACAACAACCGCATGGCCCTTATTACCTGCTGGGGTATTCCCTTGGCGGTACGCTGGCGCAGGGTATTGCGGCGCGACTGCGTGCCCGTGGCGAACAGGTGGCATTTCTTGGCTTGCTGGATACCTGGCCGCCAGAAACGCAAAACTGGCAGGAAAAAGAAGCTAATGGTCTGGACCCGGAAGTGCTGGCGGAGATTAACC > CP042583/490738‑491297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |