| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 491,824 | 6 bp→TCATCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 491,824 | 0 | A | T | 100.0% | 224.0 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (66/28); total (66/28) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,825 | 0 | G | C | 100.0% | 221.0 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (66/28); total (66/28) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,826 | 0 | T | A | 98.9% | 221.5 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (65/28); minor base C (1/0); total (66/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,827 | 0 | A | T | 100.0% | 223.1 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (66/28); total (66/28) | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,828 | 0 | G | C | 98.9% | 219.0 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (66/27); minor base A (0/1); total (66/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 491,829 | 0 | T | A | 100.0% | 222.7 / NA | 94 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (66/28); total (66/28) | |||||||||||
TTTGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGAGTAGTCTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGAGCCCCAGTAATAATGAAATTGATTTACTTAATCTAATCAGTGTTTTATGGCGGGCCAAAAAAACGGTCATGGCGGTCGTTTTTGCGTTTGCCTGCGCAGGCTTGCTGATCTCTTTCATCCTGCCGCAAAAATGGACCAGCGCGGCGGTTGTCACGCCTCCAGAACCTGTTCAGTGGCAAGAGTTGGAGAAAAGTTTCACTAAGCTTCGTG > CP042583/491561‑492091 |||||| tttGAAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATTTATAGGTTTGATGAATATTTCTCTTAAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTACAAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCCTCACTGAATATTAAACAGGGAAg > 1:1488632/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |