Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,536,493 | 0 | T | A | 99.6% | 642.5 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/113); minor base G (0/1); total (156/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTA‑CTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAG > CP042583/1536212‑1536770 ||| aTCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTa > 2:505488/1‑289 (MQ=255) 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TTTATCAGTTATTATGTAATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTA‑CTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAG > CP042583/1536212‑1536770 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |