Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,536,509 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,536,509 | 0 | A | T | 99.7% | 668.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (159/120); minor base A (0/2); total (159/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,536,511 | 0 | T | A | 99.3% | 665.1 / ‑3.0 | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (157/121); minor base G (1/1); total (159/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCT > CP042583/1536229‑1536789 ||| attaatATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATTATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGAGACAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGCCTTTAATTTCTGACTGAGcc > 1:891713/1‑289 (MQ=255) 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AATTAATATGACTAAAATCAGCTAACTGGACAAAAGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCT > CP042583/1536229‑1536789 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |