| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,540,068 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,540,068 | 0 | G | C | 99.2% | 596.1 / ‑2.6 | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/130); minor base T (1/1); total (122/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,540,069 | 0 | C | G | 100.0% | 596.1 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (122/131); total (122/131) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,540,070 | 0 | T | A | 100.0% | 604.2 / NA | 253 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (122/131); total (122/131) | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
GTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGTCATCAAA > CP042583/1539788‑1540347 ||| gtgGCCTCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGcc < 2:117542/289‑1 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attTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCATACGTTTTTCCAGCACATCCACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTCCCCGCTTTCa > 2:1430963/1‑289 (MQ=255) gttggAGGGAATTGAGTGCCGAATCGCCGGGTACCGTACCAACAATCATCATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATAGCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCa < 2:1699518/284‑1 (MQ=255) gAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGtcat < 2:807226/288‑1 (MQ=255) aaaTTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGtcat < 1:1730768/287‑1 (MQ=255) aaaCTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGtcat < 1:978496/287‑1 (MQ=255) ||| GTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGTCATCAAA > CP042583/1539788‑1540347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |