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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,548,294 | 0 | T | A | 100.0% | 663.8 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
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ggcgaccAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCg < 1:127667/283‑1 (MQ=255) ggcgaccAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTACACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCg < 2:1132920/283‑1 (MQ=255) gcgaccAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCggg > 1:460908/5‑289 (MQ=255) accAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCGGGCg > 1:1929451/2‑288 (MQ=255) ||| TATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTCCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCGGGCG > CP042583/1548014‑1548563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |