Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (127/130); minor base A (1/1); total (128/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,549,872 | 0 | C | G | 98.1% | 591.7 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base G (125/128); total (128/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGAGATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAACCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACAGC‑AACGAGTCCGAATGGGTCACTTTCCGTAATAACAAAAACAACGAAGCCTTCCTCGATCGTGTTTACATCGTGAAGGTGCCGTATTGCTTGCGCATTTCCGAAGAGATCAAAATCTACGAGAAATTGCTTAATCACAGTGAATTGACTCACGCCCCATGCGCCCCTGGCACGCTCGAAACACTGAGTCGTTTTTCCATTCTTAGCCGCCTGAAAGAGCCAGAAAACTCCAGCATTTATAGTAAGATGCGGGTTTATGATGGCGAAAGTCTGAAA > CP042583/1549591‑1550145 ||| gCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGAGATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAACCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACTCG‑AACGAGt < 2:1818109/289‑1 (MQ=255) 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GCCAAAACGGAACCCGGCGATGAGAACAACCAGGACATCTCCGCGCTGGTTGGGAAAGTCGATATTCGTAAACTCGAACACTACGCGCAGAATGACCCGGACGCCTACGGCTATTCCGGTGCGCTGTGCCGCGCCAATCAGGGGATCATGGAATTCGTTGAGATGTTTAAAGCACCGATTAAAGTGCTGCATCCCTTGTTAACCGCCACTCAGGAAGGTAACTACAACGGGACGGAAGGTATCTCCGCCCTGCCGTTCAACGGGATTATTCTCGCACACAGC‑AACGAGTCCGAATGGGTCACTTTCCGTAATAACAAAAACAACGAAGCCTTCCTCGATCGTGTTTACATCGTGAAGGTGCCGTATTGCTTGCGCATTTCCGAAGAGATCAAAATCTACGAGAAATTGCTTAATCACAGTGAATTGACTCACGCCCCATGCGCCCCTGGCACGCTCGAAACACTGAGTCGTTTTTCCATTCTTAGCCGCCTGAAAGAGCCAGAAAACTCCAGCATTTATAGTAAGATGCGGGTTTATGATGGCGAAAGTCTGAAA > CP042583/1549591‑1550145 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |