Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,552,450 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,552,450 | 0 | A | T | 100.0% | 371.8 / NA | 156 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,552,451 | 0 | G | C | 99.4% | 368.5 / NA | 156 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (74/81); minor base A (0/1); total (74/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,552,452 | 0 | T | A | 100.0% | 375.4 / NA | 156 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (74/82); total (74/82) |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GAATATGAGCATCTGCAATCTACTTTCGACAACTTTGCGATGCAGCACATCCGCGACCAGGATGATATTTATCCGGTGTTCCGTGAACTGTTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGAGTACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAAGCTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCAAGTATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTG > CP042583/1552172‑1552731 ||| atGAGCATCTGCAATCTACTTTCGACAACTTTGCGATGCAGCACATCCGCGACCAGGATGATATTTATCCGGTGTTCCGTGAACTGTTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTcc > 1:1442305/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |