| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,552,537 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,552,537 | 0 | A | T | 100.0% | 365.2 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,552,538 | 0 | G | C | 99.4% | 361.4 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (90/62); minor base T (1/0); total (91/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,552,539 | 0 | T | A | 100.0% | 365.7 / NA | 153 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (91/62); total (91/62) | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ACTGTTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGAGTACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAAGCTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCAAGTATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCT > CP042583/1552258‑1552817 ||| aCTGTTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCTTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGACAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAAt > 2:1325044/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |