| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,555,205 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,555,205 | 0 | A | T | 98.8% | 579.7 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (125/123); minor base C (2/1); total (127/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,206 | 0 | G | C | 99.2% | 576.4 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (126/122); total (127/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,555,207 | 0 | C | G | 100.0% | 580.2 / NA | 251 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (127/124); total (127/124) | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
AAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATA > CP042583/1554925‑1555475 ||| aaGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTg < 2:848925/289‑1 (MQ=255) aGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACCCGTTTCTGAACTGGaaatc > 2:1828163/1‑286 (MQ=255) gCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGaaatc > 1:1745229/1‑285 (MQ=255) gCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGaaatc > 2:1313796/1‑285 (MQ=255) gCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGaaatcactggt > 2:668670/1‑281 (MQ=255) tattTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGAt < 2:1183715/289‑1 (MQ=255) ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCa > 2:586547/1‑289 (MQ=255) 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cGCTACCGCCCTAAACCTTGATTCCCTCGTTTCTGAGCTGGAAATCGCGGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGAGTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatatatcggcctggcgtttgccccaggcctttcttaaa < 2:1859253‑M1/288‑74 (MQ=255) ccctcaaccttgaTTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTTGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatatatcggccttggcttggcctcaggtcctctttaaacattgttat > 2:898553‑M1/7‑207 (MQ=255) cctcaaccttgATTCACTCGTTTCTGCACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGCCGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTtcgctgattgtggggaaacagtagttaatctcgcaatatatcggcctggcgtttgccccaggcctttcttaaacatagtaat < 1:826711‑M1/283‑83 (MQ=255) ||| AAGCGTAAAGTAAGCAGGCTTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATA > CP042583/1554925‑1555475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |