Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,555,916 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,555,916 | 0 | G | C | 99.3% | 715.2 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,917 | 0 | C | G | 100.0% | 724.5 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (137/170); total (137/170) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,555,918 | 0 | T | A | 99.4% | 723.8 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (137/168); total (137/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AACCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTCACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGGCTTATTTTCAATGTGCAACATGTTGTCGGCATTGTCACTGCGCTGGGTTCGATAAACAGAAAACAGAGTTCAGCATTAGCTGTTACTTGATTGCTATGTTCCACCCCGCCCGGTATCCAAACCGCATATTGTGGCGGCACCATCCACAAAGCATTTTCCACCGTACAGGTAATTGCACCATGTAGCGCCAGTATCAGCTGTCCTTTGCGGTGCTGATGTACAGGACTGGTTAACTCATCCGTTCCGGCGTGAATACAAAATGCGACCGCGGC > CP042583/1555638‑1556188 ||| aaCCCCGTCTCTTTTACTATCAGTCGGGCAAGATTGCGTTAACTCATCGCAAAAAAGCCAGCCCATTGCCCCAATGCCCCCCACTCGACAGGCCCTTTCGCCATCATCTCCACCATCGTGCGGATTTTAGGATGAGAAGAAACGGGCAGGTGCAGCTGTTGTTGTGGCTGCTGAGGGAGTTCATCAAACAGGACCTGAATTAATCTGCGGGTCATTGGCTCAGCACGCTGAGTCGTCGTCCTGTTTGCCAGGGTTAAAATTAATTCCCGGCATAAGGGCGATATTTTCa < 1:1844756/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |