| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,557,005 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,557,006 | 0 | G | C | 100.0% | 512.5 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (90/126); total (90/126) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,557,007 | 0 | T | A | 99.5% | 507.7 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (90/124); total (90/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAA > CP042583/1556725‑1557281 ||| cccTCCTTCCTTCGCCGCAGGTCCCGGCGCCTATTCCCGTACAATTGGTGTCGCGGCAGCACTGGGATCCGCTATTGTCGTGCAGGTGGCTTTGTAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑GGCTGAGGTGTTTTCCTCTGTTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCATGTTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCATGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCGTGGGATCAACTCACTGGTc < 2:704662/289‑1 (MQ=255) 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ttCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTTGACTCTGCTGTTCGGTTTTGGTGCCGGCGcaac > 2:859722/1‑289 (MQ=255) cgtGGGATCAACTCACTGGGTTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTAATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGcaacaa < 2:1463550/287‑1 (MQ=255) cTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGcc < 1:945278/195‑1 (MQ=255) ||| CCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAAC‑GGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCA‑TGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAA > CP042583/1556725‑1557281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |