| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,561,804 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,561,805 | 0 | C | G | 99.1% | 524.3 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (98/125); total (100/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,561,806 | 0 | T | A | 99.1% | 532.6 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (99/125); minor base G (0/2); total (100/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGACTAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCACTCGTCGCCAGCCTACTAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGAGCTCAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAAATGTTTCGGCGCGCCATGTTGCGCAATAAATTCCGGGCTCGCGCAGAGAATACGGTAATTGGTCGCCAGTTTGCGGGCGATTAAATTAGGGGCGATGTCATCGCCAATGCGAATATCGAGATCGACACCTTCATTGACCAAATCGACCAGTCGGTCTTCC > CP042583/1561529‑1562083 ||| ccgtgaaTTGAATCATTAATCAGGCATGCTCACGTGAAAAATTCGTGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGACGACAGTGGGCCGGt < 2:562356/284‑1 (MQ=255) 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gACAATTTCTCCATGATTAGACGACAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAAATGTTTCGGCGCGCCATGTTGCGCAATAAATTCCGGCGACGCGCAGAGAATACGGTAATTGGTCGCCAGTTTGCGGGCGATTAAATTAGGGGCGATGTCATCGCCAATGCGAATATCGAGATCGACACCTTCATTGACCAAATCGAcc > 2:766932/1‑289 (MQ=255) aaTTTCTCCATGATTAGACGACAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAAATGTTTCGGCGCGCCATGTTGCGCAATAAATTCCGGCGACGCGCAGAGAATACGGTAATTGGTCGCCAGTTTGCGGGCGATTAAATTAGGGGCGATGTCATCGCCAATGCGAATATCGAGATCGACACCTTCATTGACCAAATCGACCAGt < 2:656497/289‑1 (MQ=255) tGATTAGACGACAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAAATGTTTCGGCGCGCCATGTTGCGCAATAAATTCCGGCGACGCGCAGAGAATACGGTAATTGGTCGCCAGTTTGCGGGCGATTAAATTAGGGGCGATGTCATCGCCAATGCGAATATCGAGATCGACACCTTCATTGACCAAATCGACCAGTCGGTCTTcc > 1:1815622/1‑288 (MQ=255) ||| CCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGACTAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCACTCGTCGCCAGCCTACTAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGAGCTCAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCTTTATTGCGTAATTGCCAGACACCAAAAGGATGATCGCGCTCTTTAATGACCAGGCACGGCAATGCAGAAAGATCGGTTAAATGTTTCGGCGCGCCATGTTGCGCAATAAATTCCGGGCTCGCGCAGAGAATACGGTAATTGGTCGCCAGTTTGCGGGCGATTAAATTAGGGGCGATGTCATCGCCAATGCGAATATCGAGATCGACACCTTCATTGACCAAATCGACCAGTCGGTCTTCC > CP042583/1561529‑1562083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |