| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,564,874 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,564,874 | 0 | A | T | 99.6% | 661.1 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,564,875 | 0 | G | C | 99.6% | 649.5 / ‑6.1 | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (157/119); minor base T (1/0); total (159/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,564,876 | 0 | C | G | 99.3% | 651.4 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (157/118); total (159/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GCTTGGCGATGGTAGTTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCAGTTACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGAGC‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGC > CP042583/1564594‑1565155 ||| gCTTGGCGATGGTTACTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCa < 2:25668/289‑1 (MQ=255) cTTGGCGATGGTTCATTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCa > 1:4715/1‑288 (MQ=255) tgaCCCGCATCTGGGCCGTTTTCTACTGGCTGGGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTTGCAATGTTTGGCACCCGCGTTTCCCGCGGTCCTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGTACTGAGCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTATTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTGCCt < 2:1067696/287‑1 (MQ=255) cGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgcc > 1:615431/1‑288 (MQ=255) cGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGAGGTCG‑TTTCCAGCCGGTAAATTGGTCCTcgcc > 2:1040310/1‑288 (MQ=255) gaaaCGGGCCCGTTTTGTACTGGCTTGTGTGGATCTCATACACTCCTGGCGTAGCGATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgccgc < 2:865590/287‑1 (MQ=255) ggACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCt < 1:300618/289‑1 (MQ=255) ttttCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGGCGGTAAATCGTTCCTCGTCGCCTACCTTGGCGt > 2:336818/1‑289 (MQ=255) ttttCTACTGGCTGTGGTGGATCTCATACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCCGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACATGGGCGt > 2:305929/1‑289 (MQ=255) catACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTgcctcgca > 2:12781/3‑284 (MQ=255) 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cccTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTgcc > 2:814108/1‑277 (MQ=255) cTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgccg > 2:673735/1‑243 (MQ=255) cTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTcgccg < 1:673735/243‑1 (MQ=255) ttgagTAGCCATTTTTGTCCCCCGGCTTGCCCGCGGGCGTAAGGTTAAAGAAGTTTTCTTGGGACTGATCCTCGGCGGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTTTGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 2:1646655/285‑1 (MQ=255) tggcgttggcaggTTTGTCAACCGCGTTTCGCGGTGTCGTATGATTAAAGAAGTTATCGTGTGACTGAACCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTTGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATTTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:1750703/277‑1 (MQ=255) tGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTTGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa < 1:1869074/289‑1 (MQ=255) 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gcggcgAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCGCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCcttcccttcc > 1:1164989/1‑288 (MQ=255) cggcgAAACCG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTTAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCGCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCt < 1:1042416/288‑1 (MQ=255) cgAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGTCG‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTTCGCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGt < 1:1638383/288‑1 (MQ=255) ||| GCTTGGCGATGGTAGTTTTACCCGCAACTGGACCGTTTTCTACTGGCTGTGGTGGATCAGTTACACCCCTGGCGTAGCAATGTTTGTCACCCGCGTTTCCCGCGGTCGTAAGATTAAAGAAGTTATCTGGGGACTGATCCTCGGCAGCACCGTCGGTTGCTGGTTCTTCTTTGGCGTAATGGAAAGCTATGCCATTCATCAGTTTATCAATGGCGTAATCAACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAG‑CTGTACAGCAAGTTCTGATGAGC‑TTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCAGCCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACCAGTACGCGTAATCTCCAGGAAGGTGACGATCCTGACCGTGGGCTGCGTCTTTTCTGGTGCGTGGTGATCACTCTGATCCCGCTTTCCATCTTGTTTACCGGTGCTAGCCTGGAAACGATGAAAACCACCGTCGTGCTCACAGCCCTTCCCTTCCTCGTCATTTTACTGGTGAAAGTCGGC > CP042583/1564594‑1565155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |