Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,569,855 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,569,855 | 0 | A | T | 99.7% | 730.6 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,569,856 | 0 | C | G | 99.7% | 734.0 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (151/157); minor base T (1/0); total (152/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,569,857 | 0 | T | A | 99.4% | 736.5 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (149/157); minor base C (2/0); total (152/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAAACTAATGGCATCTGGCAGATGGTATTTCGGCACCAAACGCTTGATGTATTTAACAACGAAATTGACTACCGTGCCTTTTGCCGTAGATAGCTGATCGCCCATACGGGTCAGAATTACGTGCTGAACGGCGGTTTTATCAACCACTTTTTCCAGTGTGTGAGCAAAGTTAGACACGATAACAATCGCGCTTGCGCCGCTATCGTTAAGCTGATGCTCAAGCTCACGCGGGGTATACAACGGGTTAACGTTTACGACGATCATCCCGGCACGCAAAATGCC > CP042583/1569575‑1570133 ||| tCTGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGc < 1:1386733/289‑1 (MQ=255) tGCCCACCCAGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCAt < 1:1318998/289‑1 (MQ=255) cacccaGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTg > 2:1405710/1‑288 (MQ=255) cccaGTTCGATAAACAGCAGGCAGTTAATGGTCAGGGCAAAAATGTGATACAGCGGCAGCGCCGTCACCACCAGCTCTTTGCCCGGATGCAACAGCGGACCATAGGTCGCGTTAACCTGTTCCAGGTTCGCCAGCATATTGCGGTGAGTCAGCATCGCGCCTTTCGCCACACCAGTGGTGCCGCCGGTGTATTGCAGAAAAGCTAAATCTTCCGGCACCAGTTCGGGTTTGACGTACTGCATCCGGTAGCCGTTATGCAGTGCGCTACGAAATGAAATGGCATCTGGCa > 2:189658/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |