Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,575,374 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,575,374 | 0 | A | T | 99.5% | 509.4 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,575,375 | 0 | C | G | 99.5% | 508.2 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/106); minor base T (1/0); total (110/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,575,376 | 0 | T | A | 100.0% | 511.2 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (110/106); total (110/106) |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGACTAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGATTTGCACTTTAACCACTTTCGGTAAAGA > CP042583/1575095‑1575655 ||| aGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCACAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATTGGGGAGTGAAGGTaa > 2:732867/1‑288 (MQ=255) 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AGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGACTAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGATTTGCACTTTAACCACTTTCGGTAAAGA > CP042583/1575095‑1575655 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |