Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,578,510 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,578,510 | 0 | A | T | 99.2% | 544.0 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/119); minor base G (0/2); total (114/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,511 | 0 | G | C | 99.6% | 552.9 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (113/122); total (114/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,578,512 | 0 | C | G | 100.0% | 552.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (114/122); total (114/122) |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATT > CP042583/1578234‑1578788 ||| cAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGTCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCCGTGCCGGCCTACTGTGACCACTGTATTGAATCGGTCAGCCCg > 2:316519/1‑288 (MQ=255) cAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg < 1:1434155/288‑1 (MQ=255) aaaCCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCgg < 1:352700/288‑1 (MQ=255) ccATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGCCa > 1:1735019/1‑288 (MQ=255) ccATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACa > 2:619082/1‑288 (MQ=255) ccATGCAGACATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAACACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAAAGGTGCCTGCGGTCTCGTTCCGGCAGTCATGGCTTCCTATTACCACTTTATTGAATCGGTACGCCCGGACa > 2:169484/1‑288 (MQ=255) tGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCta < 2:1759328/289‑1 (MQ=255) tGTATAGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCATGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTATAACGATCCGATGAATGTCATCGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCCGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCATGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAACCCGGACATCTATACCCGtt > 1:1899666/1‑289 (MQ=255) cgatcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCACTACCCGTTACtgt > 2:693176/1‑287 (MQ=255) atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTTCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTCCTATGACCACTTTATTTAATCGGTCAGCCCGGGCCTCTATACCCGTTACtt > 2:1232551/1‑286 (MQ=255) atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGCCCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 2:1261829/1‑289 (MQ=255) atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:947848/1‑289 (MQ=255) atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:1742894/1‑289 (MQ=255) 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cTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCAtt > 2:1302312/1‑289 (MQ=255) ttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt < 1:1169330/272‑1 (MQ=255) ttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt > 2:1169330/1‑272 (MQ=255) ||| CAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATT > CP042583/1578234‑1578788 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |