| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,585,911 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,585,911 | 0 | A | T | 100.0% | 343.5 / NA | 144 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (44/100); total (44/100) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,585,912 | 0 | G | C | 99.3% | 338.1 / NA | 144 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (43/100); minor base T (1/0); total (44/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,585,913 | 0 | T | A | 100.0% | 344.0 / NA | 144 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (44/100); total (44/100) | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CTTATCTATAACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGAGCGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTAGTACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGAAAATCGTTATCAATAAAGCAATGAAATAATATATTCCAACAGTTGTTTTATATTCTCAAAATATGTTAAGGTTGCGCCCTCATTTGGGGAGTAGCCGATTTCCAGATTCCGGAAATGTACGTGTCAACATACT > CP042583/1585632‑1586179 ||| tATCTATAACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATaa > 1:1942209/1‑289 (MQ=255) tataACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTa < 1:997107/289‑1 (MQ=255) taACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATg > 1:1040815/1‑289 (MQ=255) taACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATg > 1:33742/1‑289 (MQ=255) aacaacGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGa > 1:107221/1‑289 (MQ=255) aaagttaaCGAATAATGTTGCGTTAATTACGTCATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTTGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAGCAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAAt < 2:1914564/282‑1 (MQ=255) cGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTTCAACTCAATAAGTTATGAATTTa > 1:1660375/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |