Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 496,341 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 496,341 | 0 | A | T | 99.5% | 435.0 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (115/71); total (115/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 496,342 | 0 | G | C | 99.5% | 433.7 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (115/72); total (115/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 496,343 | 0 | C | G | 99.5% | 441.4 / NA | 189 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (115/73); total (115/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
ATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGTGATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGC‑GGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACA > CP042583/496074‑496620 ||| aTGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTg > 1:798831/1‑289 (MQ=255) aTGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTg > 1:1435085/1‑289 (MQ=255) cggcggTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGt > 1:1588117/1‑289 (MQ=255) ggttagCTTTGAGCGCAAAAAAGGGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGTATTGGCTTCATTGGACTGTGCTTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGGGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGAc < 2:1407650/283‑1 (MQ=255) 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cAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTTGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTGATTGCTGGCCACCGGTTGCGTAGCCTgg > 1:950546/1‑289 (MQ=255) aaGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTa < 1:1280142/289‑1 (MQ=255) ccTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGtt < 1:1883019/289‑1 (MQ=255) gggCATTGGCTTCGTTGGACTGTGCCTTAGTGCACTGGTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTGTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGGGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGTGTGAAAACTTAAGGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTttat < 2:1752457/287‑1 (MQ=255) cATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTAc < 2:1160007/288‑1 (MQ=255) ggCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGTCATTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCATCGCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGTCGGTGATTTCGCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGc < 2:1931229/273‑1 (MQ=255) 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ATGGTCGGCGGTGTGCTGGCGGATCGCTATGAGCGCAAAAAAGTGATTTTGCTGGCGCGCGGCACCTGTGGCATTGGCTTCATTGGACTGTGCCTTAATGCACTGCTGCCGGAGCCGAGTTTGCTGGCAATCTATTTACTTGGTTTATGGGATGGTTTTTTCGCAAGCCTTGGCGTTACGGCGCTATTGGCGGCGACACCAGCACTGGTAGGGCGTGAAAACTTAATGCAGGCCGGGGCGATCACCATGTTGACCGTGCGTCTGGGGAGCGTGATTAGCCCCATGATTGGCGGTTTATTGCTGGCGACCGGTGGCGTAGCCTGGAACTACGGGCTGGCGGCGGCGGGCACGTTTATTACCTTGCTACCGTTGTTAAGCCTTCCGGCGTTGCCACCGCCACCGCAGCCGCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGCGAGCGC‑GGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACA > CP042583/496074‑496620 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |