| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,591,374 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,591,374 | 0 | A | T | 99.5% | 464.0 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,375 | 0 | G | C | 100.0% | 464.1 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (105/93); total (105/93) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,376 | 0 | C | G | 99.5% | 466.5 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (105/92); minor base T (0/1); total (105/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGATAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGG > CP042583/1591097‑1591653 ||| tGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATCGACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGCTGGGCATAAACTCGTTTATTGTTGCCGTctct > 1:1818139/1‑287 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |