Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,597,113 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,597,113 | 0 | A | T | 99.7% | 718.0 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,597,114 | 0 | G | C | 99.7% | 703.9 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (150/151); total (150/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,597,115 | 0 | C | G | 99.7% | 709.4 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (150/152); total (150/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
AAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596835‑1597392 ||| aaaaTAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAAcgcg < 2:557923/289‑1 (MQ=255) 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AAAATAAGCATTAAATGCGTTAATGCTCAAGATCATTCCCATCATGGGTTAAGATTAATGTTAATTCTTATTACATTTGGCACGTCATGGCTCTTAACACACCACAAATTACGCCGACAAAAAAGATAACAGTGAGGGCAATCGGCGAGGAACTGCCGCGTGGTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGC > CP042583/1596835‑1597392 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |