| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 442,475 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 442,475 | 0 | A | T | 99.0% | 480.8 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/95); minor base G (0/2); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 442,476 | 0 | G | C | 99.5% | 473.0 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (110/96); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 442,477 | 0 | C | G | 99.5% | 476.5 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (108/97); minor base A (1/0); total (110/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TATCGACTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATATTTTTAATGGCATTACCGCCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTTTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGGTTTAGCACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATGCG > CP042583/442202‑442756 ||| tggcTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATAGTTTTAATGGCATTACCGGCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTTTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGGTTTTCGACCCTCTTTCCCGATg < 2:1032517/286‑1 (MQ=255) 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cGGGTTTTCGACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATgcg < 1:608197/289‑1 (MQ=255) cGGGTTTTCGACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATgcg < 2:883075/289‑1 (MQ=255) cGGGTTTTCGACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATgcg < 1:1842221/289‑1 (MQ=255) ||| TATCGACTCGCATTGCCGTTATTTGTCGGCATATTTTTAATGGCATTACCGCCTGTGTATCTGCAAGACCTTCCATTAACGCTTCGTCCTCTGCTCAGTAACGGCTTATTGGTCGGGATTTTACTGGCTGTTCTTATGGATAACCTTATTCCGTGGGAACGCATCGAATAATTTGTTGAAAAAGGATTGATAATGAAGATTGTCATTGCGCCAGACTCTTTTAAAGAGAGCTTAAGTGCAGAAAAATGTTGTCAGGCAATTAAAGCCGGGTTTAGCACCCTCTTTCCCGATGCGAACTATATCTGTTTGCCGATAGCGGATGGCGGCGAAGGGACGGTGGATGCGATGGTCGCCGCGACGGGCGGCAACATCGTGACGCTTGAAGTCTGCGGGCCGATGGGCGAAAAAGTGAATGCTTTTTATGGCCTTACCGGCGACGGGAAAACGGCGGTGATTGAGATGGCGGCAGCAAGTGGCCTGATGCTGGTCGCGCCTGAAAAGCGTAATCCGTTGCTGGCCTCCAGTTTTGGTACGGGGGAGTTAATTCGTCATGCG > CP042583/442202‑442756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |