| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,758 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,758 | 0 | A | T | 99.5% | 441.3 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (94/95); total (95/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,759 | 0 | G | C | 100.0% | 442.1 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (95/96); total (95/96) | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,760 | 0 | C | G | 99.0% | 441.3 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (95/94); minor base T (0/2); total (95/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GCGTGAGCATCCGTTGAAAAGTTTACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCG‑ATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCG > CP042583/496481‑497037 ||| cattACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCCCATAGTGCGCGACCAGGGTTGTTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGCTCGTTCCTCGCCATTGGTCCTTTTGGCCTGAt > 2:1522343/3‑289 (MQ=255) tACTGGCAGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGcc > 2:815473/1‑289 (MQ=255) aGGATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGAtgtg < 1:356645/288‑1 (MQ=255) ggATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGa > 1:93111/1‑289 (MQ=255) ggATTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACAAAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGAGGTTGa > 1:431970/1‑289 (MQ=255) aTTTCGTTTTCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGGTTGGCCTGATGCCGTTGTGGAtt > 1:1668064/1‑289 (MQ=255) ttCTGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGt < 2:492436/289‑1 (MQ=255) tGCTTGCCAGCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGt < 1:1778043/289‑1 (MQ=255) gCCAGCCCGCTGGTGGGGGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGAGGATGGC‑GGGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTgg < 2:374671/245‑1 (MQ=255) ccgggccGGTGGTGGGCGGGTATGCGCGGCTGGAGGGTGTATGGACGATGAC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCGGACGACTGGCAGAAGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTAGGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGTGAAGCTGGCACATCGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTAGTCCGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTGGTc < 2:1571823/283‑1 (MQ=255) ccggCCCGCTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGGCGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTCATGTATCCGGCGCTGGCTGAAAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACAAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTACTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTc < 2:1740892/285‑1 (MQ=255) ccGCGGGTGGGGGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GGGCGCGGGGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGgcg < 2:1805240/288‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGt > 1:196020/1‑289 (MQ=255) tggtggGCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGc > 1:374671/1‑245 (MQ=255) gggCGGGATTGCGCTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCgg < 1:1401396/288‑1 (MQ=255) ggtttGCGCTGCTGGGTGGTTTATGGACG‑TGGCGGTGCGCGGTGCGGGTCCTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGt < 2:1370995/285‑1 (MQ=255) cgcTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGc > 1:806301/1‑289 (MQ=255) cgcTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGc > 1:76467/1‑289 (MQ=255) cgcTGCTGGGTGGTTTATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCCCGCCCTTGGTCCGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGGTTTTCGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTGGGCTGGTTgtgttg > 2:13466/1‑287 (MQ=255) 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ttATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTcagctcgttg < 1:65710/288‑7 (MQ=255) ttATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTcagctcgttg < 1:1185492/288‑7 (MQ=255) tATTGACGATGGC‑GAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTcagctcgtt > 1:1455619/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |