Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,600,452 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,600,452 | 0 | A | T | 99.6% | 631.3 / ‑6.3 | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/131); minor base C (1/0); total (136/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,600,453 | 0 | G | C | 99.6% | 614.0 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (134/131); total (136/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,600,454 | 0 | C | G | 98.9% | 615.0 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (133/132); total (136/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GGGATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCAGTGTGGTCACACCGCAAATTAGCGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATAGCCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTAGCTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTGAGTGATCGCGTGATGATTGCGATGCGCATCAGTAAACGCTATCAACACCTGGTGCGTAACAATTCCGTCTTCTGGTTGGCAAGCGGTTACAGTCTGGACTTTGGTCTGACGGGCGGCGTAGTGAAAACCGGCACCTTTAACCAGTTTATCCGTGGC > CP042583/1600176‑1600736 ||| gggATGCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAAACGCCACCCTTACTGATTCGCGTTACCTgg > 2:1482874/1‑289 (MQ=255) gCCAATTCGCTATCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGc < 2:1280187/289‑1 (MQ=255) caatgagCTATCGCGGTATTGATAGCGGGCAAGTCACGAGGATGGATCTGATTACCGCACTCAAGGAAGTACAGGCAAGGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCtt < 2:1441033/283‑1 (MQ=255) ttagCTAGCTCGGAATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGGAACGAAGTACAGGACAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGAACTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAg < 2:1496887/286‑1 (MQ=255) tctatccagttATTGTTATCTGGCAATTCCAGACGATGGATCTGAAAACCGCAGACAATGAAGTACAGGCAAATGCTGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGATCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAAGCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCat < 1:680157/279‑1 (MQ=255) aTCTCGGTATTGATATCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCattat < 1:281001/289‑1 (MQ=255) atatCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTgg > 2:183732/1‑261 (MQ=255) atatCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGcc > 1:1594596/1‑289 (MQ=255) tCGGGCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGa > 1:1687091/1‑289 (MQ=255) gggCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGaa > 1:930089/1‑288 (MQ=255) gggCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGaa > 2:1508462/1‑288 (MQ=255) gggCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTAAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCGTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGaa > 1:1493096/1‑288 (MQ=255) gCAAATCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGTGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGGTACCTGGATTGCCTAAGCCTTATGGTTGAAGCGCCGGCAGcc > 2:1369912/1‑289 (MQ=255) aaTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGt > 1:1807684/1‑289 (MQ=255) aTCCAGACGCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCCGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGtt < 2:1661436/289‑2 (MQ=255) gCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGc < 1:1508248/289‑1 (MQ=255) gCTGGATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGc < 2:493988/289‑1 (MQ=255) gATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGTTACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGTACCAGGCGGGGGCAATCCTGGCCGCGACGTTGAATTACACGAGGCCACCATTACTGCTTCGCGTCACCTGGATGGCTTAAGCAGCATTGTTGAAGCCACGGAAGCCTGttagttcggtctag > 2:362086/1‑276 (MQ=255) gATCTGATTACCGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCg > 1:1618876/1‑289 (MQ=255) 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ttACCGCACACAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGc < 1:1709411/288‑1 (MQ=255) tgaccgaccgcaAGGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATAGTTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGc < 1:1143079/280‑1 (MQ=255) ccGCACGCAATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCTGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTGTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTCATTCGCGTGACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTGCAAGAGCCGGAAGCCGGTTCGATCGGCATCGGTACGCCtgt > 2:1608617/1‑289 (MQ=255) cgcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAAGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTTTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTTGTTAGGCACGGGTACGCCtgttcgtg > 2:162039/1‑284 (MQ=255) gcaATGAAGTACAGGCAAAGGCGGTACTTTACCCGGAATATGTCCAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACGGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGt > 1:734027/1‑288 (MQ=255) ctGAAGGACAGGCAAAGGCGTTGCTTTACCCGGAATTTGTCCATACGTTTGCGCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCg < 2:833135/288‑1 (MQ=255) 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cAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGa < 1:263562/289‑1 (MQ=255) cAGACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGa < 1:411441/289‑1 (MQ=255) gACCTTTGCTCGCGGTGGTACGCGCTTCTCAGTGGTCACACCGCAAATTTCGGCAGCTGGCGTTGAGCATCTTGATACTATCCTCCAGCCGTATATCAACGTCGAACCAGGCCGGGGCAATCCTCGCCGCGACTTTGAATTACAAGAGGCCACCATTACTGATTCGCGTTACCTGGATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACa > 1:1074208/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |