| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,605,635 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,605,635 | 0 | G | C | 99.5% | 505.7 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,636 | 0 | C | G | 99.5% | 502.3 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (85/127); total (86/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,637 | 0 | T | A | 100.0% | 507.7 / NA | 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (86/127); total (86/127) | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGC > CP042583/1605358‑1605916 ||| ccaccgaaacaacATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAACGAAGTGGTCAg < 2:1515113/282‑1 (MQ=255) 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CCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAGCCATATTATCTATTCCTTTTTGTAATAACTTTTTTACAGAGCATAACCTTGTCTAATGTCTGAGTCGAGGATCATCAATTCCGGCTTGCCATCCTGGCTCACTCTTAGTAACTTTTGCCCGCGAATGATGAGGAGATTAAGAATGCTGAAGAATCTGGCTAAACTGGATCAAACAGAAATGGATAAAGTGAATGTCGATTTGGCGGCGGCCGGGGTGGCATTTAAAGAACGC > CP042583/1605358‑1605916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |