| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,627,080 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,627,080 | 0 | A | T | 99.4% | 394.8 / NA | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,627,081 | 0 | G | C | 100.0% | 394.3 / NA | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (124/42); total (124/42) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,627,082 | 0 | T | A | 98.8% | 392.3 / ‑3.3 | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/41); minor base G (1/1); total (124/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
ATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTT > CP042583/1626836‑1627361 ||| aTGGGACAGTATAATTTATACTACAGGTTATATTGGAAAAAAATATTATAATATTAAATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAAGAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTAGTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTGACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAGCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATc < 1:1590430/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |