Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,627,089 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,627,089 | 0 | A | T | 100.0% | 398.7 / NA | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,627,090 | 0 | G | C | 100.0% | 393.8 / NA | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (124/42); total (124/42) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,627,091 | 0 | T | A | 99.4% | 394.2 / ‑4.8 | 166 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (122/42); minor base G (1/0); total (124/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
ATGGCACAGTATAATTTATTCTACAGGTTATATTGGAAGCAAATATTTTAATATTACATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTT > CP042583/1626836‑1627361 ||| aTGGGACAGTATAATTTATACTACAGGTTATATTGGAAAAAAATATTATAATATTAAATATTCAGTGAAGAAATGCGTAATAAAAATATACATTGCGCCTCCTGAAAAAAGAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTAGTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTGACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAGCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATc < 1:1590430/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |