| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 498,737 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 498,737 | 0 | A | T | 99.2% | 604.8 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/128); minor base G (1/1); total (128/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,738 | 0 | G | C | 99.6% | 603.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (127/129); total (128/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 498,739 | 0 | C | G | 99.6% | 593.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (127/128); total (128/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CGAGTCTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGC‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCT‑TCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCC > CP042583/498459‑499022 ||| cgtcacTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCg < 1:1318139/284‑1 (MQ=255) gtcacTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCg > 1:77306/5‑288 (MQ=255) gtcacTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCg > 1:1394740/5‑288 (MQ=255) cacTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCGTCa > 1:925382/3‑289 (MQ=255) 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ggAAGTACAGCAGACCCTGGCAACCCTTGCTCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCGTCAGGAAAAACa < 2:1232560/288‑1 (MQ=255) ggAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCGTCAGGAAAAACa < 1:402663/288‑1 (MQ=255) cagACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGTCGCCGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCG‑CTGTATAATCCTGAATCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCGTCATGGAAAACAAGCTTCCGCa > 2:411290/1‑288 (MQ=255) 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tCCTGGCAGTCGT‑TCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGAtggtg > 1:1558131/1‑289 (MQ=255) agtccT‑TCCCCCGTCAGGAAAAACCAGCGTCCGCACGCCGTTTCACCCGCGGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTcc < 2:1885970/284‑1 (MQ=255) ||| CGAGTCTGGCTGAGGAAGTACAGCAGACCATGGCAACACTTGCGCCCAATCGCTTTTTCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGC‑CTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCT‑TCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCC > CP042583/498459‑499022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |