Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,627,209 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (163/93); total (163/93) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,627,211 | 0 | C | G | 99.6% | 607.3 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (162/93); minor base T (1/0); total (163/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTT‑‑CCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCC > CP042583/1626929‑1627489 ||| tGCGCCTCCTGAAAAAATAAATTTTTTATGCTATTACGTATATTTGTATCTATTTCAATGGAATGACAACGTGAATATTAATTACCCTGCTGAATATGAAATTGGAGATATCGTCTTTACATGTATAGGTGCTGCCTTATTTGGTCAAATATCGGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTTCAACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTTCGTCTAAt > 2:918096/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |