| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,627,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,627,338 | 0 | A | T | 99.6% | 604.9 / ‑5.0 | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (138/117); minor base C (0/1); total (138/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,627,339 | 0 | G | C | 99.2% | 586.5 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (135/118); total (138/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,627,340 | 0 | C | G | 99.2% | 589.9 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (134/117); total (138/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GTGCTGCCTTATTTGGTCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTT‑‑CCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAAT‑CTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCT > CP042583/1627057‑1627618 ||| ctgcCTTATTTGGTCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTTCAACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTTCGTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTT‑‑CCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAAT‑CTTCGCGCCAGt > 2:1225003/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |