Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,627,353 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,627,353 | 0 | A | T | 99.6% | 566.5 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,627,354 | 0 | G | C | 99.6% | 557.9 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (118/119); total (118/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,627,355 | 0 | T | A | 99.6% | 570.5 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/122); minor base G (1/0); total (118/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCTCTCGCCAGGTTCAGCC > CP042583/1627073‑1627634 ||| tCAAATATCAGCTGCATCAAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTTCAACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTTCGTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTTCGCGCCAGTTCTGTTCAAAAttt > 1:829498/1‑289 (MQ=255) 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cttcgcgccAGTTCTTTTCAAAATTTGTTGTTGATATTTAAAACGAAGCGGTATGAATTCCGGTGGGTGAAATAGGGACGTTTGGAGAATGGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCTCTCGcc < 2:1251020/284‑1 (MQ=255) gccAGTTCTGTTCAAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCTCTCGCCAGGtt < 1:1562580/288‑1 (MQ=255) gTTCTGTTCAAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCTCTCGCCAGGTTCAGcc > 1:1134635/1‑289 (MQ=255) ||| TCAAATAAGTGCTGCAAGTAATTGCTGGAGTAATCACGTCGGGATCATTATCGGTCATAACGGTGAAGACTTCCTGGTTGCAGAAAGCCGGGTTCCCCTTAGTACCATCACCACGCTATCTCGTTTTATTAAACGTAGCTCTAATCAACGCTATGCTATAAAGCGATTAGACGCTGGGCTGACAGAACGACAAAAACAACGAATTGTTGAACAGGTTCCCTCCCGGCTACGCAAACTTTACCACACCGGTTTTAAATACGAATCTAGCCGCCAGTTCTGTAGTAAATTTGTTTTTGATATTTATAAAGAAGCGCTATGTATTCCGGTGGGTGAAATAGAGACGTTTGGAGAATTGTTAAATAGCAATCCGAATGCAAAACTCACTTTCTGGAAATTCTGGTTCCTGGGTTCTATTCCGTGGGAGCGTAAAACCGTCACGCCAGCCAGTTTGTGGCATCATCCGGGTTTGGTGTTGATTCATGCGGAGGGAGTGGAAACGCCTCAGCCGGAACTGACCGAGGCGGTATAACTTAACGCAGTCGCCCTCTCGCCAGGTTCAGCC > CP042583/1627073‑1627634 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |