Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 498,791 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 498,791 | 0 | A | T | 99.6% | 581.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,792 | 0 | G | C | 99.6% | 582.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/125); minor base A (0/1); total (120/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,793 | 0 | C | G | 99.2% | 572.0 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (117/126); total (120/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TTTTTCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTT > CP042583/498512‑499071 ||| gttttCTTTAGGTCGCCGTACCGCGGTTTTACGGATTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATTCGCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAAtg < 2:391039/288‑1 (MQ=255) 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tCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAgtggt < 1:1041184/289‑1 (MQ=255) cccAGCAAACACGCCCCGCGCTCTTTGCAGATGCCAAGGCGCAGGGCATAAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGGGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAgtggt < 2:1032401/288‑1 (MQ=255) caacaaCGCGCCGCGATGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTgt < 2:289713/289‑2 (MQ=255) 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gCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGTCACGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGttt > 2:836235/1‑289 (MQ=255) ||| TTTTTCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGGATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTT > CP042583/498512‑499071 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |