Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,632,170 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,632,170 | 0 | A | T | 98.6% | 500.8 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,632,171 | 0 | G | C | 99.1% | 490.7 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/84); minor base T (2/0); total (132/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,632,172 | 0 | C | G | 99.1% | 494.8 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (131/84); total (132/85) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGAGCCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTAGCCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGAGTCCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAACTGC > CP042583/1631894‑1632449 ||| tGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTaaa < 2:1710603/288‑1 (MQ=255) tGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAAt > 1:1844327/1‑289 (MQ=255) cGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTTCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACCCGTTATGATTTCGATCGGTC‑TACCGGCATGGTTGCA‑ACCTAAATgg > 2:1743104/1‑289 (MQ=255) cGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATACACCCGCGCACAGACCGTGTGCGTAGCGAGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATCTCCATCGGTA‑TATCGCACGGGTCGCA‑TCCTAAAttg > 2:1481047/1‑287 (MQ=255) gTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATggg < 1:1349216/289‑1 (MQ=255) gTTGTACGGTACTGATCTGGAGTTTCAGTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATggg < 1:1643938/289‑1 (MQ=255) ttttACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCTACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGACCTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGt < 1:1049028/289‑1 (MQ=255) 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gTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGc < 2:1906322/68‑1 (MQ=255) tC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGCCCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTCCGATGACTTAGGGCCTGAATTTTTGACCCGCATCTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCa > 2:1861008/1‑288 (MQ=255) tC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCa > 1:1472777/1‑288 (MQ=255) ccGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAActg > 1:256422/1‑288 (MQ=255) ||| TGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGAGCCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTAGCCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGAGTCCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAACTGC > CP042583/1631894‑1632449 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |