Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,637,228 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,637,228 | 0 | A | T | 99.7% | 734.5 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (173/135); minor base G (0/1); total (173/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,637,229 | 0 | C | G | 99.7% | 712.8 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (172/136); total (173/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,637,230 | 0 | T | A | 99.7% | 734.5 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (173/135); minor base G (0/1); total (173/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CGGCGCGATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCG > CP042583/1636949‑1637508 ||| cgcgATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATcgcc > 2:1657488/1‑288 (MQ=255) cgcgATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCCGCATGATCACCTGTGCGGCCCCGGTTGAATAATctcc > 2:1326074/1‑288 (MQ=255) gATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCt < 1:1208111/288‑1 (MQ=255) gATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCt < 1:422371/288‑1 (MQ=255) 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tGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCgg < 1:863818/289‑1 (MQ=255) gATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGa < 1:710298/289‑1 (MQ=255) ccccGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGaa < 2:491518/150‑1 (MQ=255) ||| CGGCGCGATCCAGGTGGCATTATCGTCAAAGAATTCGATGGTTTCGGAGCGGATAGGATCAATGGCAATCACTGGTTTGCCAGATTTTTTCAGCTGATGGAAGTATTCCAGCCCTTGCTCATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCG > CP042583/1636949‑1637508 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |