Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,637,348 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,637,348 | 0 | G | C | 99.7% | 709.1 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,637,349 | 0 | C | G | 99.0% | 702.4 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (143/157); total (145/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,637,350 | 0 | T | A | 99.0% | 697.6 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base A (142/155); total (145/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
ATCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCG > CP042583/1637069‑1637634 ||| ggTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATTCGGCATGATCACCTGTGCTGCCACGGTTGAATCATCGACGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCCGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCCGCATAGCGCCCGCCGTTACATCCGGGCAAAATCGACCTTGGTCCGttc > 2:926888/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |