Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,644,406 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,644,406 | 0 | G | C | 99.6% | 594.5 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (131/122); total (132/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,644,407 | 0 | C | G | 99.2% | 587.6 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (131/121); total (132/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,644,408 | 0 | T | A | 99.2% | 602.0 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (131/123); total (132/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGGCTCATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCGCTCGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGGCTAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGCGTCACTAAGCCCACGTCAGAGTAGCGGAATATTTTCATCAGTAATTTACGGTCAAAATGCTGATTCAAATAATAAAGCGGCGTCCAGCCTAATTGCCCGTATTTACCATTAATTCGTCCAGCTTCATTTTCGAGCTGATGACGAATATCCTGATAGGCTTGCACA > CP042583/1644129‑1644688 ||| gTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGCTCGTAGGGGTTAAAAATTAACGCTGACGTCAACTCg > 2:521092/1‑289 (MQ=255) gCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCg < 1:1896504/288‑1 (MQ=255) tCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGcc > 1:1830355/1‑286 (MQ=255) gggAGATTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTgcgaaag > 2:1455188/1‑283 (MQ=255) gaTTAACCGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCTTGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAaagaaca > 2:1823047/1‑289 (MQ=255) tgacactcgtcgcggCAAGATATGGAAAGGTGTGAACTTTATCGC‑CTGCATGGCGTTCACCGCTTCGCGGAACTATTTTCTTTAGGTCGCTCGCGAGACATTCCTGCAATTGGTTAATTTCGTTTTTCACGAAAAGGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAGTACGCTCCGCCAGCGACATAGTGAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTATGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAaagaacaag < 2:179466/275‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAaagaacaagaac > 2:330653/1‑288 (MQ=255) tACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGAt < 1:1401138/289‑1 (MQ=255) tACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGAt < 1:856569/289‑1 (MQ=255) aatcTTTGGAAAGGTAGTAACTTCTTCGGCCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCGAATGAAGCACTCCTGCCAGTTCTTAATATCTTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 2:797589/286‑1 (MQ=255) aaGTTTGGGAAAGGTAGCTCCTGTGTCGGGCTGT‑TGCCTTCCCGGGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 2:415039/289‑1 (MQ=255) aaGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 1:541342/289‑1 (MQ=255) aaGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGAGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTGCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 1:1021264/289‑1 (MQ=255) gacTTTGGAAAGGTAGCACATTTATTGTGCGGC‑TGGCTTGCCGGGCTCCGTGGAACTATCGGTTTTGGGTGTATAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCt < 2:1523072/286‑1 (MQ=255) gCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTgg > 2:1354220/1‑289 (MQ=255) ttgtaaggttAGCAACTTGACCGCCCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGAGAAACTATCTCCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCGGTGTTTAATATTGTTTATCACGATAACATCCAGCTTTTCTGCCTGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTc < 2:853109/280‑1 (MQ=255) ttGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCGCGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTc < 1:1780764/289‑1 (MQ=255) ttGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTc < 2:939445/289‑1 (MQ=255) tGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTc > 2:1300766/1‑288 (MQ=255) 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cTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGC‑TGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGc < 1:1459473/289‑1 (MQ=255) tATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGc < 1:330653/289‑1 (MQ=255) aaTCTGCTTTAGGTCGCTAATGATGCACTCCTTCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGCGACATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCCGACGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGCGAAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGc < 2:1287261/288‑1 (MQ=255) 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GGTCGATGTGCTGTTAGTTCCACTTACGGGAGATTAACCGCTCTTACGCAAGCTTTGGAAAGGTAGCAACTTTATCGCGCTGC‑TGGCTTTCCGCGCTTCGCGGAACTATCTGCTTTAGGTCGCTAATGAAGCACTCCTGCCAGTGGTTAATATCGTTTTTCACGATAACGTCCAGCATTTCTGCATGACGGGAAATACGTTCCGCCAGGCTCATAGTCAATGCACGATCCAGCGCAGCTGCAACTTCGTCACGATCGTAGGGGTTAACAATTAACGCGCTCGTTAACTCGTTTGCCGCTCCCGCAAATTGGCTAAGAACAAGAACGCCCGGATTGGCTGGGTCCTGAGCAGCAACATACTCTTTTGCTACCAGGTTCATCCCGTCACGCAGTGGCGTCACTAAGCCCACGTCAGAGTAGCGGAATATTTTCATCAGTAATTTACGGTCAAAATGCTGATTCAAATAATAAAGCGGCGTCCAGCCTAATTGCCCGTATTTACCATTAATTCGTCCAGCTTCATTTTCGAGCTGATGACGAATATCCTGATAGGCTTGCACA > CP042583/1644129‑1644688 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |