Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,657,739 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,657,739 | 0 | A | T | 99.6% | 655.5 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (131/146); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,657,740 | 0 | C | G | 99.6% | 657.1 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/146); minor base T (1/0); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,657,741 | 0 | T | A | 99.3% | 649.0 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (130/145); minor base G (1/1); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGTTTT > CP042583/1657461‑1658018 ||| cgcCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGaa > 1:1142513/1‑288 (MQ=255) ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAATACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCg > 2:755500/1‑289 (MQ=255) ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCCTTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTCGGTTTGAAACTTATGCTTGCTTTCCCGCAGTTCTTGAGGGGAATCg > 2:1899133/1‑289 (MQ=255) aTACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCg > 1:560468/1‑289 (MQ=255) 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accGTTAGAACCAAAAACCACCCAGGAAGCGACGTTTTGTTCGCCCATGGTATGGATGATGTCAACGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCt < 2:1142513/287‑1 (MQ=255) caccccACAGGAAGCTCCGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑Gc < 2:865902/289‑1 (MQ=255) caccacACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑Gc < 1:830717/289‑1 (MQ=255) 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tCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCcac < 1:1235601/246‑1 (MQ=255) cGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGtttt > 1:657858/1‑289 (MQ=255) cGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGtttt > 1:63121/1‑289 (MQ=255) ||| CGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGTTTT > CP042583/1657461‑1658018 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |