Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,661,942 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,661,942 | 0 | A | T | 100.0% | 432.3 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,661,943 | 0 | G | C | 100.0% | 427.4 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (81/101); total (81/101) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,661,944 | 0 | T | A | 99.5% | 428.3 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (81/100); total (81/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,661,945 | 0 | A | T | 100.0% | 429.5 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (81/101); total (81/101) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,661,946 | 0 | G | C | 99.5% | 427.3 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (81/100); total (81/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,661,947 | 0 | C | G | 99.5% | 427.7 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (81/100); minor base T (0/1); total (81/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGAAAGCAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCTCTGACCAAATGAATATCAAAGCCAAGACCGTTAGTAGCCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGGCTAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAACTGCCAGTA > CP042583/1661670‑1662229 |||||| tatttatCG‑TTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATCGAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCTCTGACCAAATGAATATCAAAGCCAAGACCGTTTCATCGCATAAAGGTAat > 2:1415376/1‑289 (MQ=255) 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TATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGAAAGCAGTATGTTGCGAATGTGGATGGCAGGTCAGGGAACCATTCAAATCTCTGACCAAATGAATATCAAAGCCAAGACCGTTAGTAGCCATAAAGGTAATATTAAACGTAAGATCAAAACGCATAATAAACAGGTTATCTACCATGTCGTCCGACTGACGGATAATGTGACTAATGGTATTTTTGTCAACATGCGCTAACACATTCTGACTGGTGGTTTCCCACCAGTCAGGCTGAATAAGATTACTCTGCTTTCTCCACAAAGATACCGTCCTGATGCCCTGCTTCATTAAAGAACCAGATGCCGAGCGGGTAGTCTTCCAGGCTAACCAGGTACATTGTGCCTTCACTAAACTCCTCAACTGCCAGTA > CP042583/1661670‑1662229 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |