Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,669,667 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,669,667 | 0 | G | C | 99.2% | 622.6 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (133/130); minor base A (2/0); total (135/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,668 | 0 | C | G | 98.9% | 610.4 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/130); minor base T (3/0); total (135/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,669 | 0 | T | A | 99.2% | 614.9 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (134/128); minor base G (1/1); total (135/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669388‑1669947 ||| gCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGCTTGCAGATGGGCCAACTCTGTCCCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCAtt > 2:1928033/1‑288 (MQ=255) tttATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAgc > 1:528558/1‑289 (MQ=255) ttATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAgcg < 1:706225/289‑1 (MQ=255) aTGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCa < 1:752537/289‑1 (MQ=255) 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atgttCATTAAACTGGTGCGACGCCGGATCGCAGTAATGTTTTGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTGCCATTCGTTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAAGTGCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAg < 2:906302/286‑1 (MQ=255) cATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGAtt < 1:1269340/289‑1 (MQ=255) aaTTAAAATGATGCGTGCCCGGAACGAAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGAtt < 2:137925/288‑1 (MQ=255) 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tgatgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 1:1218926/289‑1 (MQ=255) tgatgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTa < 1:191957/289‑1 (MQ=255) tgCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGAtt < 1:1618612/278‑1 (MQ=255) 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gCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGa < 2:1191351/288‑1 (MQ=255) gCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGa < 1:747108/288‑1 (MQ=255) gCCATGCCGAGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAAAATCATAATTTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTATGAATCGGTTACTGATATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGATGAAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGa < 2:946638/288‑1 (MQ=255) ||| GCCTTCTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTGTCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669388‑1669947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |