| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,675,978 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,675,978 | 0 | A | T | 99.6% | 656.7 / ‑5.4 | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,675,979 | 0 | C | G | 99.3% | 649.1 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (125/146); minor base T (1/1); total (126/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,675,980 | 0 | T | A | 99.6% | 648.1 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (125/146); total (126/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TAGCCCATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTACTATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAAACTAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAA > CP042583/1675700‑1676257 ||| ccATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTg > 1:747011/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |